Охрана территории от браконьерства и пожаров включает в себя ряд документов для внутреннего пользования и обязательного исполнения:

Мероприятия по охране лесных массивов.

Оперативный план организации тушения лесных пожаров в гослесфонде Шалдайского и Бескарагайского филиалов, согласованный с начальниками ЧС и ОПС Щербактинского и Аккулинского районов и акимами прилегающих сельских округов. Соглашение по оказанию взаимопомощи с Управлением лесами Алтайского края Российской Федерации, с РГУ ГЛПР «Семей орманы», с акиматами сельских округов и сельхозформированиями.

Приказы Генерального директора по вопросам службы охраны.

Охрана территории осуществляется силами. 286 госинспекторов. Вся территория резервата разбита на два филиала и 16 лесничеств, за которыми закреплена определенная площадь. Каждое лесничество разбито на обходы и мастерские участки, закрепленные за инспекторами. Всего имеется 193 обхода и 31 мастерскийучасток.

В резервате в полной мере применяется система пассивной и активной охраны. Пассивная охрана применяется в основном для своевременного обнаружения лесных пожаров путем визуального наблюдения с пожарно- наблюдательных вышек, расположенных в лесничествах.

Активная охрана заключается в круглосуточном объезде на автомашине территории оперативными группами, формируемыми в лесничествах из руководителя или помощника лесничего и 2-х – 3-х инспекторов обходов. Они охраняют территорию от фактов браконьерства и пожаров.

В систему активной охраны входит центральная оперативная группа в составе зам. Директора по охране природных комплексов или начальника отдела службы охраны и госинспекторов, а при необходимости с участием работников полиции. Эта группа проверяет не только состояние режима охраны, но и контролирует работу оперативных групплесничеств.

Вся информация с вышек и патрулирующих оперативных групп поступает в центральную диспетчерскую службу, работающую круглосуточно, которая докладывает руководству для принятия решений.